V první etapě je prováděna kontrola formálních náležitostí projektové žádosti (tato kontrola probíhá pouze u instituce, kde byla projektová žádost předložena, tedy buď u regionálního subjektu Vedoucího partnera, nebo u JTS) a kontrola přijatelnosti (tato kontrola probíhá již na obou stranách hranice nebo pouze na JTS).
V druhé etapě je provedeno hodnocení projektu, které je zaměřeno na kvalitu projektu, spolupráci partnerů přeshraniční dopad (tato kontrola probíhá taktéž jak na rakouské, tak i české straně současně, dále je do některých fází zapojen i JTS).

1. etapa - Kontrola projektové žádosti

Kontrola formálních náležitostí je prováděna způsobem ANO/NE dle formuláře Check-listu. Aby mohl být projekt dále administrován, musí být všechny otázky zodpovězeny kladně. V rámci kontroly formálních náležitostí je prověřováno, zda byla předložena kompletní projektová žádost a zda splňuje základní formální náležitosti (např. je podepsaná, obsahuje přílohy, které jsou kontrolovány dle seznamu příloh apod.). V případě, že projektová žádost vykazuje v části formální kontroly jakékoliv nedostatky, je o nich Vedoucí partner Regionálním subjektem Vedoucího partnera/JTS vyrozuměn s požadavkem na odstranění těchto nedostatků. Pokud formální kontrola proběhne pozitivně, následuje druhá část první etapy, a to tzv. kontrola přijatelnosti.
Kontrolu přijatelnosti opět provádí Regionální subjekt Vedoucího partnera a taktéž Regionální subjekty projektových partnerů nebo JTS. Tím je zaručeno, že projektová žádost bude vyhovovat jak české, tak i rakouské legislativě. Kontrola přijatelnosti slouží k identifikaci, zda na základě předložených dokumentů daná projektová žádost splňuje základní kritéria Programu. V případě, že projektová žádost vykazuje v části kontroly přijatelnosti jakékoliv nedostatky, je o nich Vedoucí partner Regionálním subjektem Vedoucího partnera/JTS vyrozuměn s požadavkem na odstranění těchto nedostatků Pokud kontrola přijatelnosti proběhne pozitivně, pak je projektová žádost zaregistrována Společným technickým sekretariátem do informačního systému.
Zároveň je Vedoucí partner projektu vyrozuměn (písemně/e-mailem) JTS o datu udávajícím počátek způsobilosti výdajů na realizaci projektu.

2 . etapa - Hodnocení projektu

U projektových žádostí, které úspěšně prošly kontrolou přijatelnosti, je prováděno hodnocení projektu. V této etapě je projekt podrobně hodnocen z hlediska obsahového, technické a finanční kvality, přeshraničních dopadů a úrovně přeshraniční spolupráce, dlouhodobé udržitelnosti apod.

Toto hodnocení je rozděleno do tří částí:
a) Kvalita projektu
b) Hodnocení přeshraničního dopadu projektu

c) Hodnocení přeshraniční spolupráce
 

a) Kvalita projektu
Hodnocení kvality projektu je prováděna podle formuláře Check-listu formou bodů 0-2. Regionální subjekt Vedoucího partnera hodnotí projekt jako celek a taktéž část projektu vztahující se k Vedoucímu partnerovi. Regionální subjekty ostatních projektových parterů hodnotí projekt pouze v souvislosti s daným partnerem, který je pro ně příslušný. Pokud daný subjekt ohodnotí dané kritérium 0 body, pak musí toto své hodnocení zdůvodnit a uvést slabé stránky projektu a návrh na zlepšení.

b) Hodnocení přeshraničního dopadu projektu
Hodnocení přeshraničního dopadu je prováděno jak regionálními subjekty, tak i JTS. Každá tato instituce provede hodnocení ze svého daného pohledu – regionálního nebo programového. (Neboli: provede vlastní hodnocení dle národních směrnic nebo požadavků Programu) Hodnotí se na základě bodů 0-5. Při ohodnocení 0 zdůvodní daný subjekt své rozhodnutí a uvede slabé stránky projektu a návrh na zlepšení. V této fázi již není možno doplňovat žádost. Na základě bodů budou projekty seřazeny pro jednání MV.
 

c) Hodnocení přeshraniční spolupráce
Hodnocení přeshraniční spolupráce provádí pouze JTS. Hodnotí se na škále 0-3-5 bodů dle Check listu.

Vypracování Projektového listu

Po provedených kontrolách a ohodnocení projektu provede JTS závěrečné shrnutí. Dané výsledky hodnocení přepíše do standardizovaných formulářů, které jsou podkladem pro rozhodování členů MV. Taktéž jako podklad slouží tzv. Projektový list, kde jsou ve zkrácené míře uvedeny některé informace z předložené projektové žádosti.