In der ersten Etappe wird die formale Kontrolle des Projektantrags durchgeführt (diese Kontrolle wird nur bei der Institution durchgeführt, bei der der Projektantrag vorgelegt wurde, also entweder bei der Regionalen Stelle des Lead Partners oder beim JTS) und Kontrolle der Akzeptabilität (diese Kontrolle spielt sich schon auf den beiden Seiten der Grenze oder beim JTS ab).
In der zweiten Etappe wird die inhaltliche Bewertung des Projektes durchgeführt, die auf Projektqualität, Zusammenarbeit der Partner und die grenzüberschreitende Wirkung ausgerichtet ist (diese Kontrolle wird sowohl auf der tschechischen als auch auf der österreichischen Seite durchgeführt, in einige Phasen wird auch das JTS eingegliedert.)

1. Etappe – Kontrolle des Projektantrags

Die formale Kontrolle des Projektantrags wird nach einer vorgegebenen Check-Liste (Ja/Nein-Methode) durchgeführt. Damit das Projekt weiter administriert werden kann, müssen alle Fragen positiv beantwortet werden. Im Rahmen der Kontrolle der Formerfordernisse wird geprüft, ob der Projektantrag vollständig vorgelegt wurde und ob er den formalen Kriterien entspricht (z.B. Unterschrift, Vollständigkeit aller Anhänge usw.) Falls der Projektantrag irgendwelche Mängel im Teil der formalen Kontrolle aufweist, wird der Lead Partner durch seine Regionale Stelle, bzw. durch das JTS mit der Aufforderung, die Mängel zu beseitigen, benachrichtigt. Falls die formale Kontrolle positiv verläuft, folgt der zweite Teil der ersten Etappe und zwar die sog. Kontrolle der Akzeptabilität.
Die Kontrolle der Akzeptabilität führt wieder die Regionale Stelle des Lead Partners sowie Regionale Stellen der Projektpartner oder das JTS durch. Dadurch wird gewährleistet, dass der Projektantrag der tschechischen sowie der österreichischen Legislative entspricht. Die Kontrolle der Akzeptabilität dient zur Identifikation, ob auf Grund der vorgelegten Dokumente der eingereichte Projektantrag die wesentlichen Kriterien des Programms erfüllt. Falls der Projektantrag irgendwelche Mängel im Zuge der Kontrolle der Akzeptabilität aufweist, wird der Lead Partner durch seine Regionale Stelle, bzw. durch das JTS mit der Aufforderung, die Mängel zu beseitigen, benachrichtigt. Falls die Kontrolle der Akzeptabilität positiv verläuft, dann wird der Projektantrag durch das Gemeinsame Technische Sekretariat im Informationssystem registriert. Zugleich wird der Lead Partner (schriftlich/per E-Mail) vom JTS über den Beginn der Förderfähigkeit der Kosten für die Projektumsetzung informiert.

2. Etappe – Bewertung des Projektes

Bei den Projektanträgen, die erfolgreich bei Kontrolle der Akzeptabilität durchgekommen sind, wird die inhaltliche und finanzielle Bewertung des Projektes durchgeführt. In dieser Etappe werden der Inhalt, die technische und finanzielle Qualität, die grenzüberschreitende Wirkung und Zusammenarbeit, sowie die Nachhaltigkeit des Projektes bewertet.

Diese Bewertung ist in drei Teile gegliedert:
a) Projektqualität
b) Bewertung der grenzüberschreitenden Wirkung des Projektes

c) Bewertung der grenzüberschreitenden Zusammenarbeit

a) Projektqualität
Die Bewertung der Projektqualität wird nach einer Check-Liste (Punkte 0-2) durchgeführt. Die Regionale Stelle des Lead Partners bewertet das Projekt im Gesamten sowie jenen Projektteil, der sich auf den Lead Partner bezieht. Regionale Stellen von anderen Projektpartnern bewerten das Projekt nur im Zusammenhang mit dem jeweiligen Projektpartner, für den sie zuständig sind. Falls eine Regionale Stelle ein Kriterium mit null Punkten bewertet, muss sie ihre Bewertung begründen und die Schwachstellen des Projektantrags sowie einen Vorschlag für Verbesserung anführen.

b) Bewertung der grenzüberschreitenden Wirkung des Projektes
Die Bewertung der grenzüberschreitenden Wirkung wird sowohl durch Regionale Stellen als auch durch das JTS durchgeführt. Jede dieser Institutionen bewertet aus ihrem eigenen - regionalen oder programmspezifischen Gesichtspunkt (Oder: führt eine eigene Bewertung nach nationalen Richtlinien oder Programmerfordernissen durch.) Es wird wieder auf Grund der Punkte von 0-5 bewertet. Bei der Bewertung 0 begründet die beurteilende Stelle ihre Entscheidung und gibt die Schwachstellen des Projektantrags und einen Vorschlag für Verbesserung an. In dieser Phase kann der Antragsteller den Projektantrag nicht mehr ergänzen. Auf Grund der Punkte werden die Projekte für die Sitzung des Begleitausschuss gereiht.

c) Bewertung der grenzüberschreitenden Zusammenarbeit
Die Bewertung der grenzüberschreitenden Zusammenarbeit führt nur das JTS durch. Es wird auf der Skala 0-3-5 Punkte nach der Check-Liste bewertet.

Ausarbeitung des Projektblatts

Nach der durchgeführten formalen Kontrolle und der inhaltlichen Bewertung des Projektes führt das JTS eine Zusammenfassung der Ergebnisse durch. Die Ergebnisse der Bewertungen überträgt es in Standardformulare, die als Grundlage für die Entscheidung der Mitglieder des BA dienen. Als Grundlage dient auch das sog. Projektblatt, in dem  eine Zusammenfassung des Projektantrags angeführt ist.