Operační program sestává ze dvou prioritních os a sedmi oblastí podpory. Třetí prioritní osa, Technická pomoc, je určena pro zajištění administrace Programu. Oblasti podpory jsou znázorněny v následujícím schématu:

Prioritní osa 1
Socio-ekonomický rozvoj, cestovní ruch a transfer know-how

Oblasti podpory:

1.1   Infrastruktura a služby spojené s podnikáním a inovacemi
1.2   Cestovní ruch, kultura a ekonomika volného času
1.3   Rozvoj lidských zdrojů, trh práce, vzdělávání a kvalifikace
1.4   Prevence zdravotních a sociálních rizik, sociální integrace


Prioritní osa 2
Regionální dostupnost a udržitelný rozvoj

Oblasti podpory:

2.1   Doprava a regionální dostupnost
2.2   Životní prostředí a prevence rizik
2.3   Udržitelné sítě a struktury institucionální spolupráce


Prioritní osa 3
Technická pomoc